socket-timeout や http-chunk-size はサイズの大きいvideoをDLしたい場合で、音声には必要ないと思います。
音声のみでいいなら音声だけDL（m4aやwebm）、yt-dlp -f ba "動画URL"
互換性などでm4a等をmp3にしたいなら、yt-dlp -f ba -x --audio-format mp3 "動画URL"
bilibili.pyは置き換える必要ありません。最新のyt-dlpにアップデートしてください。（ファイル自体はextractorフォルダの中です）
音声が途切れるのは途中で失敗しているからですか？元ファイルは途切れていませんか？
タイムアウトで途切れるのなら、繰り返しトライし続けるのが現状一番の対応策だと思います。あるいはDLBunnyなどのサイトを使うのも一つの手です。

・下記のコマンドで問題ないでしょうか。
yt-dlp -x –audio-format mp3 –socket-timeout 60 –http-chunk-size 5M “動画URL”

・bilibili.pyの使い方について（yt-dlpを保存しているフォルダの配下に保存？）

以上です。
初心者質問で大変恐縮ですが、よろしくお願いいたします。